Управление Центром осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. В центре созданы следующие коллегиальные органы управления: Общее собрание работников (осуществляет общее руководство Центром), Совет центра (орган самоуправления) и Педагогический совет (управление педагогической деятельностью).